1例宏基因二代测序提示钩端螺旋体感染患者的实验室诊断
孙爱猛1 , 周信云1 , 罗滢娟1 , 朱端昊1 , 熊长辉2
1. 吉安市疾病预防控制中心,吉安 343000; 2. 江西省疾病预防控制中心,南昌 330006
Laboratory diagnosis in a patient suspected of Leptospira infection by metagenomic next-generation sequencing
SUN Ai-meng1 , ZHOU Xin-yun1 , LUO Yun-juan1 , ZHU Duan-hao1 , XIONG Chang-hui2
1. Jian Municipl Center for Disease Control and Prevention,Ji’an 343000, China;; 2.Jiangxi Provincial Center for Disease Control and Prevention,Nanchang 330006,China
摘要 目的 对一不明原因发热伴呼吸困难患者进行实验室诊断,探讨钩端螺旋体实验室确诊的检测方法。方法 利用宏基因二代测序技术(mNGS)对一不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析,利用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)、显微镜凝集试验(MAT)和传统培养方法对患者进行实验室确诊。结果 mNGS对不明原因发热伴呼吸困难患者的肺泡灌洗液进行病原体分析提示患者可能被问号钩端螺旋体感染,Real-time PCR和传统培养方法对患者的肺泡灌洗液、血液和尿液检测均为阴性,血清抗体检测(MAT法)致病性钩端螺旋体澳洲型滴度为1:800。结论 该患者确诊为致病性钩端螺旋体澳洲型感染,mNGS与实验室传统方法的有机结合有助于对不明原因发热伴呼吸困难患者实验室诊断,特别是对钩端螺旋体的实验室诊断具有重要意义。
关键词 :
mNGS ,
不明原因发热 ,
感染 ,
钩端螺旋体
Abstract :To investigate the laboratory diagnosis of leptospirosis in a patient with fever and dyspnea of undetermined origin. Metagenomic next-generation sequencing(mNGS) was used to analyze the pathogens in the bronchoalveolar lavage fluid(BALF)of an patient with fever and dyspnea of undetermined origin, and the patient was confirmed by Real-time PCR, immunology methods and the conventional culture methods.The patient of fever and dyspnea of undetermined origin was suspected of leptospirosis infection by mNGS. The BALF, blood and urine samples were tested negative for leptospirosis by Real-time PCR and the conventional culture methods. The serum antibody titer was 1:800 of Leptospire australis by MAT.It is very great significance of the combination of mNGS and the traditional method of the laboratory diagnosis of leptospirosis in patient with fever and dyspnea of undetermined origin.
Key words :
metagenomic next-generation sequencing(mNGS)
fever of unknown origin
infection
Leptospira
收稿日期: 2022-01-20
基金资助: 江西省重点研发计划项目(No.20202BBGL73041)
通讯作者:
熊长辉,Email: Email: xch526@163.com; ORCID:0000-0002-4287-2136
引用本文:
孙爱猛, 周信云, 罗滢娟, 朱端昊, 熊长辉. 1例宏基因二代测序提示钩端螺旋体感染患者的实验室诊断[J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(6): 478-480.
SUN Ai-meng, ZHOU Xin-yun, LUO Yun-juan, ZHU Duan-hao, XIONG Chang-hui. Laboratory diagnosis in a patient suspected of Leptospira infection by metagenomic next-generation sequencing. Chinese Journal of Zoonoses, 2022, 38(6): 478-480.
链接本文:
http://www.rsghb.cn/CN/10.3969/j.issn.1002-2694.2022.00.092 或 http://www.rsghb.cn/CN/Y2022/V38/I6/478
[1] 陈炜,曾燕萍,马卫星.钩端螺旋体病赫氏反应诱发肺出血一例[J].现代实用医学,2020,32(3):144-145. DOI:10.3969/j.issn.1671-0800.2020.03.069 [2] 杨瑞,程均福,刘力,等.2005-2018年湖北省钩端螺旋体病监测分析[J].中华卫生杀虫药械, 2020,26(5):473-476. DOI:10.19821 /j.1671-2781.2020.05.021 [3] 《中华传染病杂志》编辑委员会.中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[J].中华传染病杂志,2020,38(11):681-689. DOI:10.3760/cma.j.cn311365-20200731-00732 [4] 中华医学会检验医学分会临床微生物学组,中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组,中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会.宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识[J].中华检验医学杂志, 2021,44(2):107-120. DOI:10.3760/cma.j.cn114452-20201026- 00794 [5] 中华人民共和国卫生部. WS290-2008,端螺旋体病诊断标准 [S].北京:人民卫生出版社,2008. [6] Krairojanananp,Thaipadungpanitj,Leepitakrat S,et al.Low prevalence of Leptospira carriagein rodents in leptospirosis-endemic northeastern Thailand[J].Tropical Med,2020,5(4):154. doi:10.3390/tropicalmed5040154 [7] 娄银莹,周梦洁,张颖欣,等.2017-2019北京地区犬钩端螺旋体病流行病学调查[J].中国人兽共患病学报,2020,36(1):56-59. DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2019.00.182 [8] 张翠彩,张汀兰,徐建民,等.2016-2018年江西省钩端螺旋体病鼠类动物流行病学调查与分离菌株鉴定[J].中国人兽共患病学报,2019,35(12):1080-1084. DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2019.00.185 [9] Niloofa R,Fernando N,de Silva NL,et al.Diagnosis of leptospirosis:comparison between microscopic agglutination test,IgM-ELISA and IgM rapid immunochromatography test[J].PLoS One,2015,10(6):e0129236. DOI:10.3390/tropicalmed5040154 [10] 蒋秀高,聂一新,顾莉莉,等.PCR技术在钩端螺旋体病传染源监测中的应用[J].中国人兽共患病杂志,2001,17(1):108-109. DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2001.01.042 [11] Mo QH,Wang HB,Tan H,et al.Comparative detection of rotavirus RNA by conventional RT-PCR,TaqMan RT-PCR and Real-time nucleic acid sequence-based amplification[J].J Virol Methods,2015,(213):1-4. DOI:10.1016/j.jviromet.2014.11.006 [12] Feng Y,Yang T,Xu Q,et al.Detection,discrimination and quantitation of 22 bluetongue virus serotypes using Real-time RT-PCR with TaqMan MGB probes[J].Arch Virol,2015,160( 9 ):2249-2258. DOI:10.1007/s00705- 015-2499-7 [13] Wilson MR,Naccache SN,Samayoa E,et al.Actionable diagnosis of neuroleptospirosisby next-generation sequencing[J].N Engl J Med,2014,370( 25):2408-2417. DOI: 10.1056/NEJMoa1401268 [14] Xie M, Zhou Z, Guo S, et al.Next-generation sequencing specifies Angiostrongylus eosinophilic meningoencephalitis in infants[J].Medicine,2019,98( 35):e16985. DOI: 10.1097/MD.0000000000016985 [15] Zhang Y,Hong K,Zou Y,et al.Rapid detection of human herpes virus by next-generation sequencing in a patient with encephalitis[J].Virol J,2019,16( 1):104. DOI: 10.1186/s12985-019-1205-x [16] Zhang HC,Ai JW,Cui P,et al.Incremental value of metagenomic next generation sequencing for the diagnosis of suspected focal infection in adults[J].J Infect, 2019,79(5):419-425. DOI: 10.1016/j.jinf.2019.08.012
[1]
杨字, 殷红敏, 黄皓, 孔逸尘, 陈利, 张云智. 云南省大理市啮齿动物携带冠状病毒和戊型肝炎病毒的调查 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(8): 685-692.
[2]
李喆, 张影, 杜宗利, 叶强, 徐颖华, 辛晓芳. 不同血清群致病性钩端螺旋体PFGE分析研究 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(6): 481-485.
[3]
吴涛宇, 逄博, 冯海燕, 王显军, 李浩, 陈守义, 张齐光, 丁淑军, 马伟, 杨丽萍. 广州增江沿岸地区鼠形动物及携带病原体调查 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(6): 486-489.
[4]
徐颖华, 叶强, 徐苗. 浅析钩端螺旋体菌种的长期保存 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(6): 469-472.
[5]
杨利超, 郭銮英, 王妮娜, 马骏, 李国慧, 陈守义, 刘全. 广州市鼠类动物钩端螺旋体的感染调查 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(6): 473-477.
[6]
陈爱平, 张拥军. SARS-CoV-2病毒样品感染性评估方法概述 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(6): 523-527.
[7]
吴守丽, 白玛央宗, 张春阳, 林勋, 卢晓丽, 王征桦, 谢美榕, 颜苹苹, 陈亮. 福建省MSM哨点监测HIV新近感染影响因素及分子流行特征研究 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(5): 451-457.
[8]
曹旭, 贾朝霞, 刘浩, 王静, 刘开扬. 病毒感染与NLRP3炎性小体 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(5): 458-463.
[9]
袁世超, 张宏斌, 焦培荣, 武婕. 人感染禽流感病毒病例在我国的分布情况 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(4): 374-377.
[10]
杨晨晨, 田居灵, 魏琴, 姜涛. PD-1/PD-L1及相关炎症因子在细粒棘球蚴感染致肝损伤中的免疫调节作用 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(4): 297-302.
[11]
徐国英, 潘敏楠, 刘维俊, 林代华, 韩腾伟, 周淑姮, 王加熊, 刘菁, 肖方震. 福建省鼠感染钩端螺旋体调查和分离株基因种的鉴定 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(2): 175-181.
[12]
阮嘉雯, 胡鹏威, 蒋潘虹, 鞠长燕, 刘楚云, 袁梦, 段永翔, 陈辉, 俞慕华. 2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(1): 35-41.
[13]
何迅, 游兰, 范紫玮, 郑田利, 陈嘉熠, 裴晓方. 动物冠状病毒检测方法的研究进展 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(1): 42-47.
[14]
陈宝建, 谢汉国, 林婉挥. 福建省首例纳格里阿米巴(Naegleriafowleri )感染的诊治分析 [J]. 中国人兽共患病学报, 2022, 38(1): 89-92.
[15]
刘丹, 乌兰图雅, 殷旭红, 崔云虹, 王亭富, 阿木日汗, 曹民治, 王国栋, 闫大成, 李纯浦, 高娃. 内蒙古大兴安岭林区牙克石段的蜱种及蜱携病原体感染调查 [J]. 中国人兽共患病学报, 2021, 37(9): 845-850.