114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型研究

引用本文

赵明惠, 刘开明, 王宁, 冉鑫. 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型研究[J]. 中国人兽共患病学报, 2019,35(1): 15-20.
ZHAO Ming-hui, LIU Kai-ming, WANG Ning, RAN Xin. Spoligotyping based genotyping analysis on 114 Mycobacterium tuberculosis isolates from HIV/MTB co-infection patients [J]. Chinese Journal of Zoonoses, 2019,35(1): 15-20. 复制到剪切板

DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2018.00.212
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中国人兽共患病学报

114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型研究

赵明惠¹, 刘开明¹, 王宁², 冉鑫³

1.江西国际旅行卫生保健中心,南昌 330002

2.上海之江生物科技股份有限公司,上海 201114

3.江西省疾病预防控制中心,南昌 330029

通讯作者:冉鑫,Email:woodenrx@163.com; ORCID:0000-0002-3398-1904

基金资助: 国家质检总局科技项目(No.2014IK057)资助

摘要

目的了解HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌基因型构成情况以及北京家族基因型菌株所占的比例,为HIV/MTB双重感染病例结核病预防控制提供分子流行病学依据。方法收集HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌临床分离株114株,利用间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对所收集的临床分离株进行分型研究,分析HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌基因型构成情况及主要流行型。结果 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌成2个大的基因家族,即北京家族(Beijing Family)和非北京家族(non-Beijing Family),分别占66.7%(76/114)和33.3%(38/114),共30种基因型。其中,非北京家族包括T家族共18株,H家族共5株,EAI5基因家族1株,CAS1_DEHLI基因家族1株及12种在数据库中没有对应基因家族或没有匹配的结果的新基因型13株。结论 HIV/MTB双重感染病例中,结核分枝杆菌基因型呈明显的多态性,北京家族基因型菌株仍为HIV/MTB双重感染病例中结核分枝杆菌主要流行菌株。

关键词: HIV/MTB; 结核分枝杆菌; Spoligotyping

中图分类号:S855.1 文献标志码:A 文章编号:1002-2694(2019)01-0015-06

Spoligotyping based genotyping analysis on 114 Mycobacterium tuberculosis isolates from HIV/MTB co-infection patients

ZHAO Ming-hui¹, LIU Kai-ming¹, WANG Ning², RAN Xin³

1. Jiangxi International Travel Healthcare Center, Nanchang 330002, China

2. Shanghai ZJ Bio-Tech Co.,Ltd., Shanghai 201114, China

3. Jiangxi Province Center for Disease Control and Prevention, Nanchang 330029, China

Corresponding author: Ran Xin, Email: woodenrx@163.com

Fund:Supported by the Science Project of Administration of Quality Supervision, Inspection and Quarantine (No. 2014IK057)

Abstract

In the study, we aimed to understand the genotype of Mycobacterium tuberculosis in HIV/MTB co-infection patients and the proportion of Beijing family genotypes, and provide the molecular epidemiological basis for tuberculosis prevention and control in HIV/MTB cases. A total of 114 clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis were collected from HIV/MTB patients, and then the spoligotyping technique was used to classify the collected clinical isolates and analyze the genotype composition and main epidemic strains of Mycobacterium tuberculosis in those clinical cases. Results showed the 114 clinical isolates were divided into two large gene families, the Beijing family and non-Beijing family, accounting for 66.7% (76/114) and 33.3% (38/114), respectively, and a total of 30 genotypes. Among them, the non-Beijing family included 18 strains of T family, 5 strains of H family, 1 strain of EAI5 family, 1 strain of CAS1_DEHLI family and 13 strains of 12 new genotypes without corresponding gene family or no matching result in the database. Our study suggests that the HIV/MTB co-infection cases showed obvious polymorphisms in the Mycobacterium tuberculosis genotype, and the Beijing family genotype strain is still the major epidemic strains.

Keyword: HIV/MTB; Mycobacterium tuberculosis; spoligotyping

文章图片

目前, 结核病仍是世界十大死因之一。根据2016年全球结核病报告, 据估计2015 年全世界新发结核病数量约为1 040万例, 其中男性590万(占56%), 女性350万(占 34%), 儿童100万(占 10%)。120万新发结核病例为艾滋病毒感染者(占 11%), 超过95%的结核病死亡发生在低收入和中等收入国家^[1]。分子流行病学是研究结核病传播的有效手段, 与传统的流行病学研究相比, 能够更准确地预测疾病的传播模式及其暴发流行模式, 发现现有病例、新病例、特定传播环境间的关系以及更易检测出不同辖区病人间的传播^[2]。

目前, 常用于结核分枝杆菌基因分型的方法有很多, 主要包括间隔区寡核苷酸分型(Spacer oligonucleotide typing, Spoligotyping)、多位点可变数目串联重复序列分析(Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeats, MIRU-VNTR)及插人序列6110(IS6110)限制性片段多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)等^[3]。Kamerbeek 等设计的Spoligotyping技术, 是一种独特的PCR方法, 它扩增和标记直接重复(Direct Repeat, DR)区域的全部DNA间隔序列, 使扩增后的 DNA与合成的寡核苷酸DNA序列探针杂交, 然后根据杂交反应结果进行基因分型。该方法快速、简便、重复性高, 适合用于临床标本, 无须培养, 是目前使用最频繁的结核分枝杆菌 PCR 分型方法^{[4, 5]}。而且特别适用于IS6110 拷贝数少于5个的结核菌分离株的分子分型, 适用于结核病暴发流行时确定出传染源病例, 确定实验室交叉污染及实验室或院内感染结核分枝杆菌菌株分布及优势株等方面的研究^{[6, 7]}。

本研究采用Spoligotyping技术对采集的114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌进行基因分型研究, 了解HIV/MTB双重感染人群中结核分枝杆菌的基因型及其流行情况, 对比其与单纯感染MTB的结核分枝杆菌基因分型是否一致, 探讨其在今后HIV/MTB双重感染病例中结核病控制中的应用价值。

1 材料与方法

1.1 样本来源

2014年至2016年, 从江西省胸科医院、南昌市第九医院、南昌大学第一附属医院及广州市第八人民医院和云南省传染病专科医院共收集到诊断为 HIV/MTB 双重感染114例住院患者结核菌样本(镜检和培养均为阳性)。其中, 江西省30例、广东省48例、云南省36例。

1.2 试剂及菌株

颇尔尼龙转印膜购自上海必泰生物科技有限公司, ECL免疫印迹底物购自赛默飞公司, streptaridin-POD conjugate和CDP-star 检测液购自德国罗氏公司, EDAC、SSPE、NaHCO₃、NaOH、SDS、EDTA等购自生工生物公司、定影液和显影液等购自锐珂医疗器材公司, 43条探针引物由生工公司合成, 序列见参考文献^[8]。结核分枝杆菌 H37RV 标准菌株来自中国疾病预防控制中心。

1.3 DNA的提取

将一菌环培养基上生长良好的结核分枝杆菌溶于400 μ L TE 缓冲液中, 沸水浴10 min, 12 000 r/min 离心10 min, 上清即为DNA 模板, -20 ℃冰箱保存备用。

1.4 Spoligotyping分型

采用Kamerbeek 等推荐的Spoligotyping标准方法进行基因分型^[4]。

1.4.1 带探针膜的制备室温下用新鲜配制的16% EDAC在塑料容器里震荡孵育Biodyne C膜15 min使膜活化, 后用150 μ L 0.5 mol/L NaHCO₃稀释寡核苷酸探针至终浓度为0.125 μ mol/L, 将稀释好的探针依次加入到膜中孵育。最后用2× SSPE/0.1% SDS洗膜后保存备用。

1.4.2 PCR扩增用一对引物扩增整个DR区。引物的序列为DRa:5'-GGTTTTGGGTCTGAC-GAC-3', DRb:5'-CCGAGAGGGGACGGAAAC-3'。DRa引物5'端进行生物素标记。35 μ L PCR反应就体系:Mix 18 μ L, H₂O 10 μ L, DRa 2 μ L, DRb 2 μ L, DNA 3 μ L。PCR 反应条件:96 ℃ 3 min, 之后96 ℃ 1 min, 55 ℃ 1 min, 72 ℃ 30 s, 35个循环, 最后72 ℃延伸6 min。

1.4.3 杂交与监测用150 μ L 2× SSPE/0.1% SDS 稀释PCR产物, 100 ℃金属浴后加到固定有探针的Biodyne C膜杂交1 h。洗膜后通过链霉亲和素-过氧化物酶连接体streptaridin-POD conjugate孵育及CDP-star检测液的检测, 最后用胶片曝光获取结果。

1.4.4 结果分析将分型结果转换后提交到数据库平台中进行比对分析http://www.miru-vntrplus.org, 确定菌株的基因家族。

2 结果

2.1 菌株分析

114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌来自3个省份(按籍贯分包括广东、江西、云南、湖北、湖南、贵州、重庆、山东、广西和新疆), 其中6例流调资料不详。剩下的108例病例中, 包括男性96人, 女性12人; 年龄在20~30之间的20人, 31~40之间的42人, 41~50之间的25人, 51~60之间的16人, 60岁以上的5人(图1)。婚姻情况以已婚为主, 占65.7%(71/108), 感染HIV和MTB顺序多数为先感染HIV后感染MTB, 占94.4%(102/108)。

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	图1 HIV/MTB双重感染病例年龄构成Fig.1 Age composition of HIV/MTB co-infection patients

2.2 基因分型情况

根据Spoligotyping图谱构建UPGMA进化树, 见图2。聚类分析显示, 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌成2个大的基因家族, 即北京家族(Beijing Family)和非北京家族(non-Beijing Family), 分别占66.7%(76/114)和33.3%(38/114), 共30种基因型(表1)。其中, 典型的北京家族基因型包含74个菌株, 表现为仅与35-43之间的9个间隔区呈阳性杂交反应; 另有2个菌株呈北京样基因型, 表现为35-43之间出现1个位点的阴性反应。此外, 在HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌菌群中还存在T家族共18株(包含4种T1家族共11株、2种T2家族共2株、1种T2-T3家族1株, 1种T3家族共3株和1种T4家族1株), H家族共5株(主要为4种H3家族), EAI5基因家族1株和CAS1_DEHLI基因家族1株。此外还存在12种基因型在数据库中没有对应基因家族或没有匹配的结果。北京家族菌株和非北京家族菌株在性别和年龄组成方面差异无统计学意义(P> 0.05), 见表2。

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	图2 HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌UPGMA进化树从左到右以此为:进化树、菌株编号、SpolDB4数据中的SIT号、基因家族、Spoligotyping图谱Fig.2 UPGMA-tree of the genotypes of Mycobacterium tuberculosis in HIV/MTB co-infection patients

表1 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌Spoligotyping分型结果 Tab.1 Spoligotyping results of Mycobacterium tuberculosis in 114 cases of HIV/MTB co-infection patients

Spoligotyping图谱	基因家族	SIT号	菌株数
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□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□■■■■	Beijing	255	1
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	T1	53	7
■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■	H3	50	2
■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	T4	40	1
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■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	T2	52	1
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■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□■■■■■■■■■	EAI5	236	1
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□■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	CAS1_DEHLI	471	1
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表1 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌Spoligotyping分型结果 Tab.1 Spoligotyping results of Mycobacterium tuberculosis in 114 cases of HIV/MTB co-infection patients

表2 114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌在性别和年龄构成方面差异 Tab.2 Differences in sex and age composition of Mycobacterium tuberculosis in 114 cases of HIV/MTB co-infection patients

3 讨论

本研究采用间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对所收集的114例HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌临床分离株进行了基因分型研究。结果显示, 114例结核分枝杆菌成2个大的基因家族, 即北京家族(Beijing Family)和非北京家族(non-Beijing Family), 其中以北京家族菌株为主, 占到66.7%。据报道, 浙江(北京家族占70.0%/71.4%)^{[2, 3]}、新疆(北京家族占68.7%)、吉林(北京家族占89.5%)^[7]、广西(北京家族占55.3%)^[8]、甘肃(北京家族占86.9%/87.6%)^{[9, 10]}、四川(北京家族占61.3%)^[11]、北京(北京家族占85.1%)^[12]、黑龙江(北京家族占89.5%)^[13]、江苏(北京家族占80.4%/81.1%)^{[14, 15]}、内蒙古(北京家族占85.5%)^[16]、上海(北京家族占80.3%)^[16]、山东(北京家族占85.9%)^[17]、武汉(北京家族占81.9%)^[18]、西藏(北京家族占90.6%)^[19]、香港(北京家族占68.5%)^[20]、重庆(北京家族占75.0%/66.7%)^{[21, 22]}、江西(北京家族占75.9%)^[23]等全国多省市结核分枝杆菌基因分型也是以北京家族为主。另有研究对全国部分省份的结核分枝杆菌临床分离株进行Spoligotyping基因分型, 结果也显示北京家族基因型为主要我国流行基因型^{[24, 25]}。本研究与单纯感染MTB的流行菌株一致, 均为北京家族菌株。北京家族菌株是由Van等在1995年首次报道的, 它们具有特征性的spoligotyping指纹图谱, 即1-34间隔区缺失。目前, 已经在世界范围内发现了北京家族菌株的流行^[26]。有研究指出, 北京家族的产生可能是由于长期的卡介苗(BCG)接种和大量抗菌药物使用的选择性压力造成, 并且成功传播^{[7, 8]}。另据 SITVIT2 数据库统计结果显示, 全球约有1/3的结核病都是由北京家族菌株引起的, 而在东亚, 超过50%的结核分枝杆菌为北京家族菌株。本研究首次发现, 在HIV/MTB双重感染人群中, 结核分枝杆菌主要流行株仍然为北京家族菌株。这在制定HIV/MTB双重感染人群结核病的防控措施时, 提示要重点加强对北京家族菌株的流行病学监测。此外, 统计分析显示, 在HIV/MTB双重感染病例菌群中, 北京家族菌株和非北京家族菌株在性别和年龄组成方面差异无统计学意义(P> 0.05), 因此, 导致北京家族菌株流行的因素还有待进一步研究。

此外, 在HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌基因型中, 还发现有T家族(15.8%, 18/114), H家族(4.4%, 5/114), EAI5基因家族和CAS1_DEHLI基因家族(分别占0.1%, 1/114)。T家族和H家族菌株是非洲、欧美地区的主要流行菌株, 也是本研究中发现的第二、三大流行菌株, 分别占15.8%和4.4%, 它们分别来自广东、广西、云南、重庆、江西和湖南等省份, 这也许与近年来我国与非洲、欧美地区旅游交流频繁有关系^{[27, 28]}。EAI5基因家族和CAS1_DEHLI基因家族主要流行于中东和印度等东南亚一些国家, 近年来在中国新疆等省份也有发现^{[29, 30, 31]}。本研究发现的该家族菌株均来自广东。此外, 本研究还发现12种在数据库中没有对应基因家族或没有匹配的结果的菌株, 提示在HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌菌群中, 可能存在新的突变基因型, 但其具体分型和流行病学意义有待进一步研究。

本研究首次对HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌基因型进行了初步的研究, 发现北京家族菌株为HIV/MTB双重感染病例结核分枝杆菌菌群的主要流行菌株。同时还存在T家族、H家族、EAI5家族和CAS1_DEHLI家族菌株等其他家族的结核分枝杆菌。这对HIV/MTB双重感染人群结核病的流行趋势分析、防控措施制定等具有重要指导意义。

利益冲突:无

The authors have declared that no competing interests exist.

参考文献

文献顺序

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2016

0.0

... 120万新发结核病例为艾滋病毒感染者(占 11%),超过95%的结核病死亡发生在低收入和中等收入国家^[1] ...

2008

0.0

王晓萌, 刘志广, 柳正卫, 等. 70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究[J]. 中国预防医学杂志, 2008, 9(11): 946-949. DOI:10.3969/j.issn.1009-6639.2008.11.003

目的了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况,并分析北京家族菌株与耐药的相关性.方法收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株,常规罗氏培养基培养,应用Spoligotyping进行基因分型研究,聚类分析采用BioNumerics软件,统计学分析采用卡方检验.结果 70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(Non-Beijing family),分别占70%(49/70)和30%(21/70),18种基因型,其中12株为独特类型,剩余58株分为6簇.北京家族菌株中,89.8%(44/49)为典型北京家族(typicalBeijing family),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为13个基因型,9株为独特的基因型.北京家族菌株中表现为全敏感者71.4%(35/49),表现为耐药者为28.6%(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7%,表现为耐药者为33.3%,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(x2=0.158,P>0.05).结论北京家族菌株为浙江的流行优势菌株.北京基因型与耐药无明显相关性.

... 分子流行病学是研究结核病传播的有效手段,与传统的流行病学研究相比,能够更准确地预测疾病的传播模式及其暴发流行模式,发现现有病例、新病例、特定传播环境间的关系以及更易检测出不同辖区病人间的传播^[2] ...

... 4%)^[2,3]、新疆(北京家族占68 ...

2008

0.0

王晓萌, 刘志广, 柳正卫, 等. Spoligotyping 和 MLVA 用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究[J]. 中国人兽共患病学报, 2008, 24(12): 1090-1094. DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2008.12.002

To analyze the genotypes of Mycobacterium tuberculosis clinical isolates in Zhejiang province with spacer oligonucleotide typing(spoligotyping) and multiple loci variable number tandem repeat(VNTR) analysis(MLVA),70 clinical strains of Mycobacterium tuberculosis isolated from Zhejiang province were selected randomly.After conventional cultivation,the bacterial DNA was extracted from these isolated strains and the PCR technology was used to amplify the total DR region with spoligotyping and to amplify simultaneously 15 loci of VNTR with MLVA.The clustering of genotypes was analyzed with BioNumberies(Version 5.0).Through spoligotyping,these clinical strains of T.tuberculosis could be categorized into two families:the Beijing family(70%) and non-Beijing family(30%).In the Beijing family,89.8%(44/49) belonged to the typical strains and these strains could be categorized into 4 genogroups with MLVA,i.e.I,II,III,IV genogroups,in which I genogroup(8.5$) consisted of 5 genotypes;II genogroup(18.3%) consisted of 13 genotypes' III genogroup(70.4%) consisted of 38 genotypes and IV genogroup(2.8%) consisted of 2 genotypes.The results using these two methods of genotyping matched quite well,from which all the Beijing family strains were MLVA-III and the non-Beijing family strains were distributed among MLVA-I,II,IV.All the 70 strains of M.tuberculosis could be divided into 58 genotypes including 53 unique genotypes by means of MLVA,while they could be divided into 18 genotypes including 12 unique genotypes by means of spoligotyping.Results of the susceptibility tests against the first-line drugs indicated that 71.4%(35/49) of the Beijing family strains were sensitive,while 28.6%(14/49) were resistant,but in the non-Beijing family strains,66.7% were sensitive and 33.3% were resistant.However,no significant difference existed between them as demonstrated by chi-square test(χ2=0.158,P>0.05).From these observation,it is evident that significant genetic polymorphism exists among the clinical strains of M.tuberculosis isolated from Zhejiang province with the predominantly prevalent strains of Beijing family and without obvious association on the drug-resistance.It is also demonstrated that MLVA should be superior to spoligotyping to analyze the genotypes of M.tuberculosis,especially the Beijing family strains.

目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。

... 目前,常用于结核分枝杆菌基因分型的方法有很多,主要包括间隔区寡核苷酸分型(Spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)、多位点可变数目串联重复序列分析(Mycobacterial Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeats,MIRU-VNTR)及插人序列6110(IS6110)限制性片段多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)等^[3] ...

... 4%)^[2,3]、新疆(北京家族占68 ...

1997

0.0

... 该方法快速、简便、重复性高,适合用于临床标本,无须培养,是目前使用最频繁的结核分枝杆菌 PCR 分型方法^[4,5] ...

... 4 Spoligotyping分型采用Kamerbeek 等推荐的Spoligotyping标准方法进行基因分型^[4] ...

2001

0.0

... 该方法快速、简便、重复性高,适合用于临床标本,无须培养,是目前使用最频繁的结核分枝杆菌 PCR 分型方法^[4,5] ...

2003

0.0

... 而且特别适用于IS6110 拷贝数少于5个的结核菌分离株的分子分型,适用于结核病暴发流行时确定出传染源病例,确定实验室交叉污染及实验室或院内感染结核分枝杆菌菌株分布及优势株等方面的研究^[6,7] ...

2008

0.0

杨修军, 万康林, 王艳华, 等. 应用 Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究[J]. 中国卫生工程学, 2008, 7(6): 326-328. DOI:10.3969/j.issn.1671-4199.2008.06.002

目的使用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型.方法收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究.基因聚类分析采用BioNumerics软件.结果共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌f临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)或称北京基因型(Beijing genotype),非北京家族(non-Beijing family),分别占89.5%(298/333)和10.5%(35/333),29种基因型.其中22株为独特类型,余311株分为7簇.北京家族菌株中,95.0%(283/298)为典型北京家族,非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为19个基因型,16株为独特的基因型.结论吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性.

... 5%)^[7]、广西(北京家族占55 ...

... 有研究指出,北京家族的产生可能是由于长期的卡介苗(BCG)接种和大量抗菌药物使用的选择性压力造成,并且成功传播^[7,8] ...

2007

0.0

刘飞鹰, 刘志广, 王喜文, 等. Spoligotyping 对广西地区208株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型[J]. 中国人兽共患病学报, 2007, 23(12): 1226-1230. DOI:10.3969/j.issn.1002-2694.2007.12.015

To study the genotypes of Mycobacterium tuberculosis(M.tuberculosis) strains isolated from Guangxi,China with spacer oligonucleotide typing(Spoligotyping) and evaluate the relationship between Beijing family and drug resistance.M.tuberculosis clinical strains isolated from the patients with tuberculosis(TB) in Guangxi,and tested the susceptibility of the isolates to 4 anti-TB drugs(INH,SRM,RFP,EMB) with the proportion method and did genotyping wiht Spoligotyping.The data were analyzed to clustering with BioNumerics software and statistics ananlysis with Chi-Square Tests.Clinical of 208 isolates of M.tuberculosis were collected in Guangxi.By means of Spoligotyping,these strains were typed into two groups which belong to Beijing family and Non-Beijing family,55.3%(115/208)and 44.7%(93/208)respectively;47 genotypes,in which there were 36 single types and the other 172 strains were including 11 clusters.In Beijing family strains 90.4%(104/115) is Typical Beijing family.There were more polymorphisms in Non-Beijing family strains in which 93 strains could be subdivided into 39 genotypes including 31 single genotypes.Comparison with the results of drug susceptibility of 205 strains in Beijing family strains there were 76.25%(76/113) sensitive strains,and 23.75%(37/113) drug resistant strains,whereas in Non-Beijing family strains,there were 75% sensitive strains while 25% drug resistant.There was no significant difference in statistics analyzed with Chi-Square Tests(χ2=2.9721,P>0.05).There is high allelic diversity in Guangxi M.tuberculosis.And there might be no relationship between Beijing genotype and drug-resistance.

目的用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对广西地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集广西地区结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型研究和比例法进行药物敏感性检测。基因聚类分析采用BioNumerics软件。统计分析采用χ2检验。结果共在广西地区收集到208株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)或称北京基因型(Beijinggenotype),和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占55.3%(115/208)和44.7%(93/208),47种基因型,其中36株为独特类型,剩余172株分为11簇。北京家族菌株中,90.4%(104/115)为典型北京家族(TypicalBeijingfamily),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为39个基因型,31株为独特的基因型。有耐药结果的205株菌株中,北京家族菌株,76.25%(76/113)表现为全敏感,而23.75%(37/113)表现为耐药;非北京家族菌株,75%表现为全敏感,而25%表现耐药,经卡方检验(Chi-SquareTests)(表2),两者间的差异无统计学意义(χ2=2.9721,P>0.05)。结论广西结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。本研究证实北京基因型与耐药无明显相关性。

... 2 试剂及菌株颇尔尼龙转印膜购自上海必泰生物科技有限公司,ECL免疫印迹底物购自赛默飞公司,streptaridin-POD conjugate和CDP-star 检测液购自德国罗氏公司,EDAC、SSPE、NaHCO₃、NaOH、SDS、EDTA等购自生工生物公司、定影液和显影液等购自锐珂医疗器材公司,43条探针引物由生工公司合成,序列见参考文献^[8] ...

... 3%)^[8]、甘肃(北京家族占86 ...

... 有研究指出,北京家族的产生可能是由于长期的卡介苗(BCG)接种和大量抗菌药物使用的选择性压力造成,并且成功传播^[7,8] ...

2014

0.0

刘洁, 同重湘, 李君莲, 等. 中国西北部两省区结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping分型初步分析[J]. 实用预防医学, 2014, 21(5): 522-525. DOI:10.3969/j.issn.1006-3110.2014.05.004

摘　要：目的初步了解新疆和甘肃结核分枝杆菌的基因型、主要流行型及其分布特点,比较两省区之间基因型分布.方法采用随机抽样的方法挑选新疆地区结核分枝杆菌临床分离株179株,甘肃地区结核分枝杆菌临床分离株176株,采用间隔寡核苷酸分型（Spoligotyping）技术对所收集的临床分离株进行分型研究,分析我国西北部相邻的两省区结核分枝杆菌的基因型分布、主要流行型及其地区特征.结果新疆地区菌株分为47个基因型,其中28个基因型为新的型别,新疆菌株中北京家族占68.72％（123/179）,其次为T家族（6.70％,12/179）,H家族（3.91％,7/179）和CAS家族（2.23％,4/179）;甘肃地区菌株分为29种基因型,其中10个基因型为新的型别,甘肃菌株中北京家族占86.93％（153/176）,其次为T家族（4.55％,8/176）,H家族（1.14％,2/176）,MANU2（1.14％,2/176）和CAS（0.57％,1/176）.结论北京基因型菌株在新疆和甘肃地区均为主要流行株,但甘肃地区北京基因型菌株比例明显高于新疆地区.

... 6%)^[9,10]、四川(北京家族占61 ...

2014

0.0

... 6%)^[9,10]、四川(北京家族占61 ...

2012

0.0

杨筠, 董海燕, 李定越, 等. 四川省106株结核分枝杆菌 spoligotyping 基因分型研究[J]. 医学研究杂志, 2012, 41(5): 28-31. DOI:10.3969/j.issn.1673-548X.2012.05.010

目的了解四川省结核分枝杆菌基因型构成情况以及北京基因型菌株在四川省结核分枝杆菌中所占的比例,为四川省结核病预防控制提供分子流行病学依据。方法采用间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucletide typing,spoligotyping)方法对106株四川省结核分枝杆菌进行分型分析,将spoligotyping分型结果与SITVIT2数据库进行比较确定菌株的基因家族。结果根据spoligotyping分型结果及与数据库SITVIT2的比较,106株结核分枝杆菌表现为30种基因型,21种基因型为数据库中存在的基因型,9种基因型为新的基因型。基因家族分析发现,65株结核分枝杆菌为北京家族菌株(61.32%),26株为T家族菌株,4株为MANU家族菌株,U型及H型家族菌株各1株。9株新基因型的菌株没有进行基因家族的确定。结论本研究对四川省结核分枝杆菌的基因型构成以及北京家族菌株的流行程度做了初步的描述。对四川省结核病的流行趋势分析、结核病的预防控制等具有重要的意义。

... 3%)^[11]、北京(北京家族占85 ...

2008

0.0

... 1%)^[12]、黑龙江(北京家族占89 ...

2011

0.0

... 5%)^[13]、江苏(北京家族占80 ...

2011

0.0

... 1%)^[14,15]、内蒙古(北京家族占85 ...

2014

0.0

... 1%)^[14,15]、内蒙古(北京家族占85 ...

2013

0.0

... 5%)^[16]、上海(北京家族占80 ...

... 3%)^[16]、山东(北京家族占85 ...

2006

0.0

... 9%)^[17]、武汉(北京家族占81 ...

2007

0.0

... 9%)^[18]、西藏(北京家族占90 ...

2012

0.0

... 6%)^[19]、香港(北京家族占68 ...

2005

0.0

... 5%)^[20]、重庆(北京家族占75 ...

2014

0.0

... 7%)^[21,22]、江西(北京家族占75 ...

2013

0.0

... 7%)^[21,22]、江西(北京家族占75 ...

2016

0.0

... 9%)^[23]等全国多省市结核分枝杆菌基因分型也是以北京家族为主 ...

2010

0.0

... 另有研究对全国部分省份的结核分枝杆菌临床分离株进行Spoligotyping基因分型,结果也显示北京家族基因型为主要我国流行基因型^[24,25] ...

2012

0.0

... 另有研究对全国部分省份的结核分枝杆菌临床分离株进行Spoligotyping基因分型,结果也显示北京家族基因型为主要我国流行基因型^[24,25] ...

1995

0.0

... 目前,已经在世界范围内发现了北京家族菌株的流行^[26] ...

2010

0.0

... 4%,它们分别来自广东、广西、云南、重庆、江西和湖南等省份,这也许与近年来我国与非洲、欧美地区旅游交流频繁有关系^[27,28] ...

2006

0.0

... 4%,它们分别来自广东、广西、云南、重庆、江西和湖南等省份,这也许与近年来我国与非洲、欧美地区旅游交流频繁有关系^[27,28] ...

2012

0.0

... EAI5基因家族和CAS1_DEHLI基因家族主要流行于中东和印度等东南亚一些国家,近年来在中国新疆等省份也有发现^[29,30,31] ...

2002

0.0

... EAI5基因家族和CAS1_DEHLI基因家族主要流行于中东和印度等东南亚一些国家,近年来在中国新疆等省份也有发现^[29,30,31] ...

2004

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... EAI5基因家族和CAS1_DEHLI基因家族主要流行于中东和印度等东南亚一些国家,近年来在中国新疆等省份也有发现^[29,30,31] ...